Er hielt Vorlesungen über Sonnenuhren, über praktische Geometrie, Astronomie und Optik und ein Seminar über das Fernrohr. Seine theoretischen Einsichten erwuchsen aus praktischen Arbeiten, Beobachtungen und Experimenten. Hervorzuheben sind:

• Erfindung des Pantografen zum Vergrößern und Verkleinern von Zeichnungen (1603),
• Bau eines astronomischen Fernrohrs, dessen Linsen er selbst geschliffen hatte (1613),
• Bau eines Heliotrops zur Messung der Sonnenflecken,
• Entwicklung eines Verfahrens zur Messung der Fehlsichtigkeit (Scheiner-Versuch).

• die Entdeckung und Deutung der Sonnenflecken (1611),
• die Zeichnung der ersten Mondkarte, 
• die Anatomie des Auges,
• Entwicklung eines gläsernen Augenmodells.

Nach Aufenthalten in Innsbruck, Freiburg im Breisgau und Wien kam Scheiner 1622 nach Neisse in Schlesien, wo ein Jahr später die Jesuitenniederlassung mit ihm als Hausoberen eröffnet wurde. Dort starb er am 18. Juli 1650.

Der Jesuit Christoph Scheiner, der sich ein Leben lang mit der Astronomie beschäftigte und das geozentrische Weltbild vertrat, versuchte als Theologe frühzeitig, die neuen Naturwissenschaften mit dem christlichen Weltbild in Einklang zu bringen. 

Er ist mit Sicherheit einer der berühmtesten unter den einst in Ingolstadt wirkenden Naturwissenschaftlern. 

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